用python加载dicom图片的方法:使用pydicom、CV2、numpy、matplotlib等库即可。pydicom库是专门用来处理dicom图像的python专用库。
python读取DICOM图像,需要以下几个库:pydicom、CV2、numpy、matplotlib。pydicom是专门处理dicom图像的python专用包,numpy高效处理科学计算的包,依据数据绘图的库。
(推荐教程:Python入门教程)
安装需要的库
pipinstallmatplotlib
pipinstallopencv-python
pipinstallpydicom pipinstallnumpy
安装好这些库后就可以对dicom文件操作了。
具体代码如下:
#-*-coding:utf-8-*- importcv2 importnumpy importdicom frommatplotlibimportpyplotasplt dcm=dicom.read_file("AT0001_100225002.DCM") dcm.image=dcm.pixel_array*dcm.RescaleSlope+dcm.RescaleIntercept slices=[] slices.append(dcm) img=slices[int(len(slices)/2)].image.copy() ret,img=cv2.threshold(img,90,3071,cv2.THRESH_BINARY) img=numpy.uint8(img) im2,contours,_=cv2.findContours(img,cv2.RETR_LIST,cv2.CHAIN_APPROX_SIMPLE) mask=numpy.zeros(img.shape,numpy.uint8) forcontourincontours: cv2.fillPoly(mask,[contour],255) img[(mask>0)]=255 kernel=cv2.getStructuringElement(cv2.MORPH_ELLIPSE,(2,2)) img=cv2.morphologyEx(img,cv2.MORPH_OPEN,kernel) img2=slices[int(len(slices)/2)].image.copy() img2[(img==0)]=-2000 plt.figure(figsize=(12,12)) plt.subplot(131) plt.imshow(slices[int(len(slices)/2)].image,'gray') plt.title('Original') plt.subplot(132) plt.imshow(img,'gray') plt.title('Mask') plt.subplot(133) plt.imshow(img2,'gray') plt.title('Result') plt.show()
在DICOM图像里,包含了患者的相关信息的字典,我们可以通过dir查看DICOM文件有什么信息,可以通过字典返回相关的值。
importdicom importjson defloadFileInformation(filename): information={} ds=dicom.read_file(filename) information['PatientID']=ds.PatientID information['PatientName']=ds.PatientName information['PatientBirthDate']=ds.PatientBirthDate information['PatientSex']=ds.PatientSex information['StudyID']=ds.StudyID information['StudyDate']=ds.StudyDate information['StudyTime']=ds.StudyTime information['InstitutionName']=ds.InstitutionName information['Manufacturer']=ds.Manufacturer printdir(ds) printtype(information) returninformation a=loadFileInformation('AT0001_100225002.DCM') printa